Еще одна актуальная проблема на сегодня – терроризм. Страны СНГ ведут активную борьбу с главной угрозой XXI века. На границах стран Содружества установят контроль за подозреваемыми в причастности к терроризму. Руководитель Антитеррористического центра СНГ генерал-полковник Андрей Новиков заявил, что «центр предлагает осуществлять на постоянной основе, в том числе в экстренном порядке, постановку на контроль во всех пунктах пропуска через государственные границы государств - участников СНГ лиц, подозреваемых в причастности к деятельности террористических организаций».
Между органами безопасности государств СНГ налажен регулярный обмен информацией о местах дислокации баз подготовки боевиков, методах их обучения. Выявляются каналы транспортировки оружия, финансирования и технической помощи террористам. Также идет информационное противодействие.